Infeksi parasit sangat lazim di Indonesia, terutama di daerah pedesaan, pinggiran kota dan daerah kumuh kota-kota besar. Lebih dari 22 spesies protozoa dan 32 spesies cacing telah dilaporkan menginfeksi populasi manusia Indonesia. Di antara 16 spesies protozoa usus, sembilan ditemukan secara konstan dalam survei tinja, patogen yang paling sering ditemukan adalah Entamoeba histolytica dan Giardia lamblia. Mengenai protozoa darah dan jaringan, parasit malaria adalah yang paling penting. Spesies yang paling sering ditemui dan didistribusikan secara luas adalah Plasmodium falciparum dan P. vivax, sementara P. malariae dan P. knowlesi hanya mewakili sebagian kecil kasus di wilayah geografis tertentu. Di antara lebih dari 80 spesies nyamuk Anopheline, 16 telah dikonfirmasi ulang sebagai vektor di Indonesia. Protozoa jaringan lain, Trichomonas vaginalis dan Toxolasma gondii juga banyak ditemukan.
Beberapa bagian Indonesia juga lazim untuk cacing yang ditularkan melalui tanah: Ascaris lumbricoides, Necator americanus, Ancylostoma duodenale, Trichuris trichiura dan Oxyuris vermicularis. Dalam beberapa tahun terakhir, spesies Strongyloides stercoralis jarang ditemukan, tetapi prevalensinya meningkat karena metode diagnostik yang lebih canggih digunakan lebih banyak. Filariasis limfatik tersebar luas dan masih sangat endemis di daerah-daerah tertentu, terutama di bagian Indonesia timur. Wuchereria bancrofti umum terjadi baik di perkotaan maupun pedesaan, tetapi Brugia malayi menyebabkan lebih banyak masalah kesehatan masyarakat di daerah pedesaan. Spesies lain dari cacing filaria, B. timori, sejauh ini telah dideskripsikan hanya dari bagian tenggara Indonesia. Cacing filaria memiliki vektor yang bervariasi sehingga berbeda dalam epidemiologi dan distribusi. Di antara 12 spesies Trematoda, hanya Schistosoma japonicum yang endemik di Sulawesi Tengah, dan daerah endemis Fasciolopsis buski ditemukan di daerah terlarang di Kalimantan Selatan dalam beberapa tahun terakhir. Dalam kelompok Cestoda, Taenia saginata dan T. solium dengan cysticercus lebih sering ditemukan. Spesies T. asiatica juga telah dilaporkan di daerah tertentu di bagian barat Indonesia. Infeksi dengan Cestoda lain telah dilaporkan sesekali.
Secara keseluruhan, infeksi parasit di Indonesia telah menurun dari waktu ke waktu. Beberapa parasit yang lazim di jaman dulu, telah menghilang, dan infeksi manusia dengan parasit hewan telah dilaporkan sesekali karena diagnosis yang sulit. Namun, beberapa spesies parasit yang tidak biasa juga lebih sering dilaporkan pada orang dengan sistem imun rendah (immunodeficient) dan pada wisatawan.
