Infeksi parasit sangat lazim di Indonesia, terutama di daerah pedesaan, pinggiran kota dan daerah kumuh kota-kota besar. Lebih dari 22 spesies protozoa dan 32 spesies cacing telah dilaporkan menginfeksi populasi manusia Indonesia. Di antara 16 spesies protozoa usus, sembilan ditemukan secara konstan dalam survei tinja, patogen yang paling sering ditemukan adalah Entamoeba histolytica dan Giardia lamblia. Mengenai protozoa darah dan jaringan, parasit malaria adalah yang paling penting. Spesies yang paling sering ditemui dan didistribusikan secara luas adalah Plasmodium falciparum dan P. vivax, sementara P. malariae dan P. knowlesi hanya mewakili sebagian kecil kasus di wilayah geografis tertentu. Di antara lebih dari 80 spesies nyamuk Anopheline, 16 telah dikonfirmasi ulang sebagai vektor di Indonesia. Protozoa jaringan lain, Trichomonas vaginalis dan Toxolasma gondii juga banyak ditemukan.