Penyakit yang disebabkan oleh protozoa usus diketahui sebagai giardiasis, amoebiasis dan cryptosporidiosis yang kesemuanya berkorelasi dengan penyakit diare. Spesies protozoa parasit yang paling dikenal yaitu: Giardia intestinalis, Entamoeba histolytica, and Cryptosporidium spp.
